（註：下篇後段的行文風格與上、中兩篇有明顯差異，排版、分段方式都不相同，不確定是不是因為 Darkbaby 後期文風轉變的關係。）
GAMEBOY發表以後，當時任天堂的主要競爭對手NEC、ATARI和世嘉等三社也接踵發表了採用最新彩色液晶技術的便攜遊戲主機，任天堂社內很多人都擔心一目瞭然的性能差距將使得GAMEBOY徹底失敗，橫井軍平在反覆研究後斷言尚未完全技術成熟的彩色液晶必然導致電池工作時間非常短，而且昂貴的價格也難以被普通消費者接受。
山內溥非常贊同橫井的看法，他指出：「攜帶主機的優勢就是『便攜』，無論在汽車裡還是飛機上，甚至登山和海水浴的時候都能夠無所不在的娛樂。」宮本茂顯然對參入GAMEBOY並不熱心，最初時期完全依靠第一開發部孤軍奮戰，為了確保成功，橫井軍平向山內溥提出使用馬里奧製作首發遊戲。
《超級馬里奧大陸》（《SUPER MARIO LAND》）是開發一部專門為GB度身訂造的全新系列，在操作上根據硬件的性能和按鍵配置進行了合理簡化，使得玩家能夠在行進中實現快適的娛樂。本作同時也繼承了過去馬里奧系列許多膾炙人口的經典構想，鉛管秘道和能量蘑菇等依舊大放光彩。 該遊戲共分為表裡兩層世界。完成表世界後可以進入版面基本相同的裡世界，但遊戲的難度卻成倍提升。《超級馬里奧大陸》的世界觀營造刻意追求與以往系列作品的差別化，名為撒拉撒的美麗大陸上共有四個和平相處的王國，宇宙怪人的出現使得大陸被籠罩上了恐怖的黑雲，為了拯救被劫走的戴西公主並解除宇宙催眠的魔咒，馬里奧兄弟開始了新的冒險旅程。
在本作中馬里奧上天入海不再借助變身葉子和青蛙服等土把式，而是駕駛著現代化的潛艇和飛機與敵人周旋。雖然轉換了硬件平台，馬里奧的號召力依然遍及四方，《超級馬里奧大陸》在日本本土取得了415萬份的驚人銷量，在海外更是達到了1400萬份以上的天文數字，為GAMEBOY以後牢固的江山打下了相當紮實的基礎。
荒川實對GB的成功同樣也做出了巨大貢獻，當GB在北美正式上市銷售不久，一款由蘇聯莫斯科國家科研所的技術員阿歷克西斯.帕契諾夫所開發的自娛小遊戲《俄羅斯方塊》（《TETRIS》）流傳到西方後立即席捲起流行風潮，商業嗅覺敏銳的荒川實認為這款遊戲簡直是為GB所度身定造的至寶，經過他和霍華德.林肯周密調查後獲悉原先世嘉和TENGEN（TENGEN為NAMCO在北美的子會社，後併入TECMO）等與代理商簽定的合同存在極大破綻，兩人便星夜趕往蘇聯莫斯科，最終以上千萬美元的天文數字從國家科研所手中取得了家用和攜帶平台的獨佔發行權，最終GB平台的《俄羅斯方塊》取得了3024萬份的累計銷量，確保了主機的順利普及，世嘉則不得不已經生產完畢的MD版《俄羅斯方塊》全數銷毀。 山內溥曾經對荒川實的大膽冒險舉動非常震怒，但最終在現實面前也無話可說。
日本國內最積極支持橫井軍平推廣GAMEBOY的第三方軟件商是SQUARE，SQUARE因經營不善一度瀕臨破產危機，正是由於橫井的眷顧才有機會為任天堂代開發《中山美穗的心跳高校》而得到了喘息機會，以後憑藉著《FFI》逐漸走出了困境。GAMEBOY發表後，出於投桃報李的考慮，SQUARE立即宣佈將原定FC-DISK SYSTE的《SAGA-魔界塔士》和《FF外傳-聖劍傳說》轉移平台發售，由河津秋敏領銜的《SAGA-魔界塔士》是攜帶遊戲平台首款RPG遊戲，取得了百萬以上的驚人銷量，該社自此逐漸在日本業界嶄露頭角。 SQUARE在以後相當長時間得到任天堂的破格優遇，除了自身的出色成績以外，與橫井軍平的大力提攜也密不可分。
1986年4月15日，一位不速之客來到了京都高松町任天堂本社，TV遊戲產業的歷史由此翻過了新的一頁。索尼情報處理研究所的幹部久多良木健是當時索尼集團內部極少數對數碼技術的未來發展趨勢具有準確洞察力的優秀人物，他一直夢想把索尼的3DCG技術研究成果投入實際應用，然而並沒有人讚同他的看法，久多良木健決定向TV遊戲產業霸主任天堂大力推銷其理念。 經過一段時間的接觸以後，久多良木健忽然發現任天堂的技術人員似乎比自己的大多數同僚們更瞭解數碼技術的重要價值。
NEC和世嘉全面參入TV遊戲產業後確實給任天堂帶來了激烈競爭，尤其世嘉的16位主機MD在歐美地區發售後取得了極大成功，一時間幾乎有將任天堂完全逐出市場的趨勢，加緊開發後續主機已經成為了任天堂當務之急的課題，上村雅之的第二開發部在經歷了FC-DISK SYSTEM的慘痛失敗後，再度受命開發FC的後續主機SUPER FAMICOM（SFC）。 在久多良木健的極力推薦下，任天堂最終決定採用索尼最新研發成功的PCM音源IC作為SFC的內藏聲音處理芯片，首批定單的數量就高達400萬枚，兩社由此建立了歷史上關係最融洽的蜜月期。進入1988年以後，NEC和世嘉先後推出採用大容量CD-ROM媒體的遊戲主機，出於戰略牽制的考慮，任天堂也於該年9月舉行記者招待會，宣佈與索尼公司共同開發SFC用CD主機。
索尼也於次月成立了VIDEO DISK事業本部，久多良木健擔任PS事業室室長。CD主機的開發代號為「PLAYSTATION-X」（簡稱PS-X），PLAYSTATION預示著該主機擁有等同於工作站的高性能，X則代表著無限的未來。久多良木健幾乎每週都造訪任天堂本社探討合作事宜，與上村雅之等人也建立良好的私交，SFC用CD機和SFC本體幾乎同時進行中，情報開發部甚至已經試作了3款CD-ROM遊戲，所有的一切似乎正都朝著久多良木健的目標順調進展。
兩社在1990年1月1日正式締結了合作契約，索尼社長大賀典雄和任天堂社長山內溥兩方最高企業代表均出席了握手儀式,在發表會中索尼特意演示了一段侏儸紀時代恐龍生態的DEMO影像，高素質的CG表現效果令到場記者和業內人士讚歎不已。
久多良木健在1989年11月提交的業務報告書中自信地表示：「PLAYSTATION的市場定位—將來的家庭用數碼娛樂終端，通過與任天堂的共同提攜，以實現完全統一家用電腦規格的目的。最終的戰略構想是有效結合索尼的AV技術進行全方位的展開……」
任天堂與索尼最終破局。任天堂事後的官方說辭是因為CD-ROM的數據讀取速度過於緩慢，情報開發部試作的遊戲軟件顯示扼長的讀盤時間將極大損害遊戲性，這對於以ACT遊戲為看板的任天堂簡直是噩夢，橫井軍平和宮本茂等保持了完全一致的觀點，然而這個問題絕非合作失敗的癥結所在。 1991年初，任天堂和索尼的相關合同送達美國。大律師出身的美國任天堂總裁霍華德.林肯在仔細研究條文後對荒川實指出這是索尼一個深謀遠慮的商業陰謀，這份契約保持了日本商業合同一慣的模棱兩可，索尼未來很有可能借此成功進軍TV遊戲產業。荒川實立即飛回京都向山內溥闡述了反對意見，這個建議與山內溥一直以來隱藏在心中的憂慮不謀而合，新春聯合發表會上索尼展示的技術力令他非常震驚，非常擔心未來的合作完全失去主動權。
正當任天堂舉棋不定之時，菲利浦的適時出場讓事件發生了戲劇性變化，菲利浦和索尼是CD-ROM規格的共同制訂者，菲利浦深知索尼借力任天堂以後勢必完全主導局面，便有意從中破壞這場「美滿姻緣」，菲利浦和任天堂出於共同利害關係的考慮，很快就走到了同一條戰壕內。6月1日，索尼在美國芝加哥市舉辦CES消費電子展中正式發表了對應發表了SFC擴充CD-ROM主機PLAY STATION。
但是翌日，任天堂又與菲利浦舉行了記者招待會宣佈共同開發SFC搭載用CD-I規格主機，此舉頓時在業界引起軒然大波。索尼被突如其來的變故搞得陣腳大亂，廣報宣傳本部長福永憲一立即前往任天堂進行質詢，任天堂方對此的回答是：「與菲利浦合作開發的CD-主機與PLAY STATION是同一延長線的商品，並沒有與索尼的原合同產生任何牴觸。」
此後索尼與任天堂之間的協商斷斷續續進行了將近一年，後來的商業間諜獲悉任天堂和菲利浦實際並沒有展開任何共同研發行動，才醒悟到這不過是任天堂的拖延之計，合作遂於1992年5月正式宣告破裂，在久多良木健的再三苦諫下，索尼集團決定自行研發家用主機。
索尼集團曾經打算單方面撕毀向任天堂提供SFC音源IC作為報復，該社負責法律事務的德中暉久認為此舉引發的法律訴訟並無必勝把握，而由此造成的巨大經濟損失也並非元氣未復的索尼可以承受的。在任天堂社內，上村雅之的第二開發部成了整個事件的犧牲品，上村等因為支持採用CD-ROM規格而遭到嚴厲申斥，從此第二開發部的地位迅速開始滑落，硬件三傑之一的上村幾乎從公眾場合完全消失。
1990年11月21日，全世界各大媒體競相報導了任天堂全新的16位元主機SFC日本本土首發的盛況，由於任天堂刻意控制了產品的出貨數量，因此絕大多數遲到的顧客當天只能失望的空手而歸，當週的主機實際銷量約36萬台，而首發的主打遊戲《超級馬里奧世界》（《SUPER MARIO WORLD》）也賣出了同樣的數字，次年3月末任天堂公式發表了《超級馬里奧世界》實際銷售突破百萬大關的消息，所有的一切只能用氣勢如虹來形容。
為了推廣《超級馬里奧世界》這款遊戲，任天堂聘請了系井重裡事務所擔任廣告設計，並重金約請了著名影星田中律子出演廣告CM，田中馬里奧的形象通過24小時不間斷地滾動播放深入人心。
《超級馬里奧世界》的日本本土最終出貨量突破了355萬份，成功的完成了新主機起爆劑的艱巨使命，使得任天堂的王權得以順利過渡到16位元時代。在海外市場《超級馬里奧世界》同樣起到了力挽狂瀾的巨大作用，1991年一年間世嘉MD由青年製作人中裕司企畫開發的橫版ACT遊戲《音速小子》（《SONIC THE HEDGEHOG》）在北美取得了300萬份以上的空前銷量，藍色的刺蝟鼠形象在美國青少年玩家的心目中一度完全壓倒了大鬍子工裝褲的義大利佬，任天堂也在同年推出了全新的主機和全新的馬里奧。
被同僚視為「從不退縮的商業天才」的NOA社長荒川實大手筆地投入了數千萬美圓的廣告預算，任天堂的廣告合作夥伴西門子公司也針對新一代玩家的消費口味對產品進行非常成功的重新包裝，以「歸來的馬里奧」為宣傳口號的醒目廣告多方位轟炸著北美消費者的感官神經，數百輛設置著SFC主機和遊戲的大卡車在各大都市巡迴展出供玩家親身體驗。
神話終於再度重演，《超級馬里奧世界》使得SFC主機在北美地區迅速追越了先行發售兩年多時間的MD而一路高歌猛進，這部作品的海外累計銷量突破了1500萬份。任天堂曾經計畫讓SFC完全向下兼容FC，由於當時世嘉在海外市場採取不計血本的方式爭奪市場份額，NOA社長荒川實認為向下兼容造成的額外成本會導致硬件價格定位不利，在降價傾銷時迴旋餘地不足，最終階段才重新修改硬件規格。
1991年4月，任天堂在千葉幕張舉辦了大規模新作展示的初心會，會場上首次公佈了SFC平台的《塞爾達傳說-眾神之遺產》和《FFIV》的高完成度開發畫面，突如其來的震撼報導使得會場頓時沸騰。
《塞爾達傳說-眾神之遺產》於SFC誕生一週年紀念日發售，令得任天堂陣營在該年的聖誕商戰再次佔盡風光，日本權威遊戲雜誌《FAMICOM通信》給這部遊戲打出了39分的驚人高分，這是該媒體對當時日本遊戲最高的評價，記錄直到七年後才被同系列的正統續篇所打破，《塞爾達傳說-眾神之遺產》同時也成為了SFC 主機上歷代綜合評價最高的一款遊戲。宮本茂和情報開發部通過努力順利完成為SFC開山辟路的艱巨重任，進一步確立社內最強軟件開發團隊的地位。
相比起前輩橫井軍平，宮本茂於SFC前中期在任天堂社內地位的重要性顯然還要略遜一籌，GAMEBOY事業的利潤在90年代初期已經佔據整體的40%，山內溥對橫井已經完全到了言必聽計必從的信賴程度，橫井軍平當時全權總攬任天堂軟硬件開發事宜，對第三方廠商也遍施恩惠，因此達到其事業生涯的頂峰時期。 雖然橫井軍平在第一開發部素有仁厚長者之讚譽，但對其深受寵遇妒恨者卻也不乏其人，然斯時此公正當炙手可熱，其對立者也莫可奈何。由於橫井軍平執掌大局的緣故，第一開發部和INTELLIGENT SYSTEMS在SFC時代也大放異彩，達到了事業的黃金期。
1992年8月27日發售《超級馬里奧賽車》（《SUPER MARIO CART》）絕對堪稱一部里程碑式的不朽傑作，由INTELLIGENT SYSTEMS創意開發的該作為馬里奧系列開拓了一片新的廣闊天地，時至今日該系列的市場號召力甚至已經大大凌駕於馬里奧正統系列。進入16位主機時代後，IS社作為任天堂的第二方軟件商之一率先獲得了SFC主機的開發工具包，開發者計畫製作一款畫面上下兩分割的對戰型賽車遊戲，偶然機會有人提案如果將馬里奧系列的角色融入其中必定能大大提升市場價值和遊戲樂趣，負責審核的宮本茂認為這是一個非常具有潛力的提案，遂親自擔任了《超級馬里奧賽車》的品質監督。
為了體現夢幻般的氛圍，遊戲原本設計的真實賽車被改成了充滿童趣的卡丁車，三級難度共24個賽道提供了玩家足夠的選擇餘地。《超級馬里奧賽車》的可選角色共有8位，每個角色都具有各自的特點，比如碧奇和耀奇的加速度比較快，庫巴王和大金剛的穩定性強，而馬里奧和路易則實力相當平均。
在遊戲中還特別強調了角色的個性演出，角色在使用陷害道具時的誇張表情在當時尤其令人叫絕。遊戲中的道具設計是非常成功的閃光點，玩家通過獲得沿途的金幣以獲得加速效果，連續獲得10枚金幣便可以達到最高速度。
此外香蕉皮和鐳射光等道具可以用來阻礙對手前進，真正起到一發逆轉的作用。《超級馬里奧賽車》的視點設計也可圈可點，無論大場景下的俯視視點還是對戰時的追尾視點等都完美表現出了真實的臨場感。為了完美體現賽車遊戲所追求的速度感，該遊戲還特意搭載了一枚DSP處理芯片，因此即使處理相當複雜的畫面背景和同屏幕同時出現多部車輛時依然保持流暢度。
《超級馬里奧賽車》獲得《FAMICOM通信》等權威媒體異口同聲的高度評價，市場反響也遠遠超出了任天堂的預想，不但遊戲一再脫銷，由於熱衷對戰的狂潮更令得SFC的手柄長時間斷貨，這部作品在日本取得了累計出貨382萬份的銷量為SFC主機無可爭議的本土銷量NO.1，在海外這部作品的號召力更是有過之而無不及。
1994年1月21日，IS社開發的《火焰紋章－紋章之謎》成為任天堂發行的第一款２４Mb超大容量遊戲，這部作品憑藉著近乎完美的品質獲得了《FAMICOM通信》３６分的高評價，濱村通信等狂熱分子為此通宵不眠，一些業界的愛好者甚至還發起成立了所謂的FE教，劇本作者加賀昭三一夜間成為了社會名流。
《火焰紋章－紋章之謎》的累計出貨量突破了８０萬份，為全系列銷量之冠。第一開發部和IS社還聯手開發了同樣使用２４Mb超大容量的ACT遊戲《超級銀河戰士》（《Super Metroid》），至今為止仍有許多專業人士將該作評為2D時代橫版ACT遊戲的頂峰之作，行雲流水般的流暢操作感甚至超過王牌軍團情報開發部，而畫面和音響效果也極具震撼力，該作在日本和海外都順利突破百萬銷量大關。
在GB平台，《超級馬里奧大陸》系列依然一路高歌猛進，第一開發部的出石武宏還因為社長山內溥的一句戲言而創造了一個與馬里奧截然相反的全新遊戲角色，貪婪而喜歡挖鼻孔的瓦里奧曾經在《超級馬里奧大陸2-六之金幣》中首度登場亮相，製作人員特意把他的形象與馬里奧形成鮮明對照，山內溥某次心血來潮地來到開發場地試玩了遊戲，結果老眼昏花的他很快就GAME OVER，山內自我解嘲地嘆道：「如果主角能夠不死就好了！」在場的出石武宏對此深有感觸，他認為消費者中有許多像山內社長那樣不善於動作遊戲的人，如果製作出一款主角為不死身的遊戲，或許能夠因此獲得新的消費人群，於是瓦里奧便躍居主角並逐漸確立了不死身的獨特遊戲特徵。
綜上所述，在橫井軍平主持大局的時代，任天堂敢於投入重金開發大製作遊戲，《超級銀河戰士》等兩款大容量遊戲的開發費用都高達上億日元。同時也積極嘗試和應用先端技術，比如《火焰紋章－紋章之謎》採用了當時某種特殊的圖像處理技術，遊戲片頭的紋章LOGO會根據劇情推移發生微妙變化，在當時曾傳為話題。
1994年，任天堂似乎走到了一個上升軌道的盡頭，在過去的連續10年裡，該社每年都因為業績超出原定計畫而向股民發放額外紅利，但這個商業神話終於成為了過去式。 SFC與MD在海外市場形成兩敗俱傷地死鬥局面，曾經風光無限GB也開始急速滑坡，年間發售軟件數量比上年度足足減少了一半，然而最令市場分析家擔憂的還是強勁競爭對手的不斷湧入，除了先前的NEC和世嘉，家電產業巨頭松下、索尼等也紛紛發表了明確地參入計畫。
任天堂似乎依舊穩坐釣魚台，同時發表了家用平台和攜帶平台的後續主機計畫，山內溥在94年中間期的業績說明會上充滿自信地說道：「如果某些家電廠商使用CD-ROM的32位機銷量能夠突破百萬台，我將辭去社長職務，並頭下腳上的倒立走路！」其矛頭主攻方向直指松下3DO和索尼PLAYSTATION。
任天堂在這一年裡大張旗鼓地同時發表了64位家用主機和32位攜帶主機這兩款後續產品的開發計畫，在遊戲業界立即引起了地震般的轟動效應，在許多人的想法中兩款主機同時發表的幕後必然隱藏著殺傷力極大的連攜作戰目的，將是任天堂處心積慮醞釀多時的一次致命攻擊，但實際的真相卻與外界的猜測相距甚遠。
為了在硬件技術上完全壓倒索尼，任天堂決定從技術力更專業的歐美IT廠商尋求合作，在荒川實建議和引薦下與美國著名的硅圖像公司（SGI）簽署了共同開發次世代64位元主機的協議，竹田玄洋的第三開發部首次擔負起開發主力商品的重任。
竹田玄洋本人性格比較孤僻，平素裡一直不苟言笑，相比起橫井軍平和上村雅之兩人惇厚長者的行事做派，他在任天堂社內的口碑一直不算太高。第三開發部在任天堂全面進軍遊戲產業以來一直無所建樹，但是竹田本人並未因此失去山內溥的寵信，山內溥一直把第三開發部視為本社核心研發基地，以少數精銳的體制不惜重金秘密研究產業相關的先端技術。
竹田玄洋所部早在80年代中期就開始接觸3D POLYGON圖形技術並頗有建樹，其研究成果被應用到SFC《星際火狐》等遊戲，任天堂曾計畫在1994年推出一款名為《超空間VR格鬥》的全3D街機遊戲，但是世嘉率先於1993年春推出了街機版初代《VR戰士》，最終任天堂因為沒有必勝把握而將計畫擱淺。
竹田玄洋在接手次世代主機後就提案實現徹底3D化，憑藉64位CPU的演算能力在立體空間的表現能力上完全打垮索尼PS等競爭對手。山內溥本人對64位機寄託了前所未有地期望，他希望該主機能夠成為和FC同樣改變時代的里程碑，為此投入數億美元的巨資全力研發，山內溥不止一次在各種場合自豪地對自己的屬下以及其他人表示：「64位機將徹底改變遊戲！」宮本茂的情報開發部再次擔負起製作首發主打遊戲的重任，對於這個過去創造過無數輝煌的團隊而言，他們所面對的是一個全新的創造空間，過去所有積累的經驗和成功都已經毫無價值，觀念和知識都需要從頭開始汲取。
任天堂最終決定依舊採用MASK ROM作為64位主機的軟件載體，以犧牲容量來換取數據處理速度，宮本茂必須使用一種陳舊過時的載體來容納未來，其創作的艱辛程度可想而知。
心直口快的橫井軍平在公開場合的一次發言引發了眾怒。
橫井軍平在1995年初接受《日本工業新聞》的專訪時坦率地表示：「任天堂過去一直的發展路線是短、小、輕、薄，山內社長在70年代就曾經反覆向我們強調這一點，然而近來任天堂的發展方向卻開始出現偏差，我本人對強調64位主機高性能的必要性感到疑問……」從如今的角度來看待這番言論，橫井軍平確實具有先見之明，他認為任天堂刻意與索尼等競爭對手追逐技術前衛性是非常不明智的舉動，過份追求硬件高性能將導致開發成本直線上升，長此以往不利於遊戲產業健全發展，惟有獨闢蹊徑才是自存的萬全之計。
橫井軍平的爆彈言論立即在任天堂社內引起了軒然大波，他無形中把荒川實、宮本茂和竹田玄洋等64主機計畫的積極鼓吹者推到了自己的對立面，這些人過去在橫井軍平和社內一些保守勢力抗爭中至少還保持中立立場，如今卻發生急劇變化，橫井在社內幾乎陷入了完全孤立的境地，竹田玄洋則與他更發展到相對形同陌路。
橫井軍平的第一開發部也正加緊開發32位攜帶主機VIRTUAL BOY，VR BOY採用的成像技術是慶應大學某研究室於1993年推出的最新研究成果，其技術原理是將雙眼中同時生的相同圖像疊合成用點線組成的立體影像空間，但限於當時的技術力，這個研究成果還只能使用紅色液晶顯示單一色彩。 橫井軍平獲悉這個研究成果後非常興奮，他自信地認為該技術將為遊戲產業帶來前所未有的革命，立即向本社提交了具體的開發計畫。任天堂元老們對標新立異的VR BOY感到非常震驚，幾乎所有人都表示了強烈反對，但由於社長山內溥對橫井過去工作實績充滿了信賴，這個開發案最終獲得通過。
山內溥打算讓VR BOY取代已然日暮西山的GB成為新的第二經濟支柱。他在1995年春的股東大會上自信地許諾：「VR BOY將在發售第一財務年度裡出荷500萬台，為任天堂帶來800億日元的利潤，股民也會獲得額外紅利！」 VIRTUAL BOY於1994年末和1995年初分別在日本和美國的大型遊戲展會中進行了展示，觀眾的反饋意見並不理想，在當時PS等32位CD-ROM主機紛紛以精美CG動畫作為賣點的時代背景下，單調的點線圖形自然無法吸引廣大消費者的眼球。
開發者還發現了一個足以致命的技術問題，原先VB計畫以頭罩式眼鏡方式實現戶外娛樂的可能性，但是通過實際檢驗後發現頭部晃動會引起液晶偏振現象，導致圖像嚴重紊亂錯位，橫井軍平不得不重新調整開發計畫。
山內溥在1995年5月突然獨斷決定將VB於7月15日投放市場，促使山內作出這個錯誤判斷主要有兩個客觀原因；其一是PS和SS這兩款32位主機的市場銷售情況大大高於預想，在5月中同時突破了百萬大關，這令得先前立下重誓的山內溥頗感顏面無光，他急於祭出殺招將之扼殺於搖籃中。
另外一個原因是7月15日正逢日本學校放暑假之時，也是任天堂歷年的商品銷售旺季，山內認為選擇夏季商戰期間推出VB可保萬全。雖然橫井軍平百般抗辯依然無法改變社長的決定，為了趕在預定目標推出，第一開發部最終不得不把VB原先的頭罩眼鏡式設計改為三角支架平置桌面的妥協設計，完全失去了攜帶的意義。
在當時TV遊戲業的大環境下，VB的存在合理性確實也值得質疑，大多數人的注意力都集中在SFC怒濤般的超大作群和新鮮出爐的32位主機，任天堂廣報部門的宣傳重點更是集中在呼之欲出的64位元家用主機，只有橫井軍平利用自身在業界的人脈關係四處奔走求援。VB的軟件準備工作也並不充分，宮本茂以全力於64遊戲為理由拒絕讓情報開發部參與遊戲開發，社內只有第一開發部的區區數十人為之晝夜忙碌。
而第三方軟件商中真正認同VR BOY理念的參與者並不多，連當時與任天堂嫌隙漸生的SQUARE也藉故推委，主機預定發售日提前更造成不少重要軟件計畫大幅度延遲。
7月15日，VIRTUAL BOY終於在全日本公開發售，首批出貨達到了70萬台，然而幸運之神不再眷顧橫井軍平，該主機銷售兩週後僅消化了14萬台，小賣店為了中間期決算不得不開始以最低三折的價格恐慌性拋售VB主機和對應遊戲，許多參入廠商也紛紛宣佈取消開發計畫。 一份來自競爭對手的污衊性報導也對VB的銷售完全停滯起到了重要作用，一個與索尼關係密切的所謂眼科權威專家在各大報刊連篇累牘地發表研究文章，指出VIRTUAL BOY所使用的虛擬成像技術會嚴重損害青少年視力，這個報導迅速在日本國內產生重大影響，還有什麼家長願意為自己的子女選購嚴重損害視力的玩具呢？
7月末，任天堂社長山內溥不得不連續在初心會緊急對策會和中間期股東說明會上向合作夥伴和股民代表們鞠躬謝罪，這對於這個10多年來君臨天下的老人來說簡直是平生僅有的羞辱，愧恨萬分的他對肇事者橫井軍平失去了一貫的寬容和信賴。 橫井軍平的失敗無疑是他所有的敵人期待多時的，任天堂社內幾乎異口同聲對其大張撻伐，令其幾無立錐之地。山內溥將全權負責軟件開發事宜的權限完全移交給了宮本茂，而橫井軍平則被指派開發GAME BOY的改良型號以填補因為VB失敗而形成的市場真空。
原任天堂第一開發部成員、後來擔任COTO會社開發部長的大下聰在橫井軍平逝世後曾向媒體描述過當時的處境：「橫井先生在任天堂社內確實已經四面楚歌，雖然社長並沒有加以斥責，但失敗的愧恨卻是顯而易見的。最終讓橫井決定離開的最主要原因，還是因為一位信賴的得意弟子兼部下的背叛……」這個被橫井軍平目為得意弟子兼部下的人顯然暗指宮本茂，VIRTUAL BOY事件以後，宮本茂取代橫井成為了社內第一實權者，這樣的結局確實讓橫井萌生了去意。
導致橫井軍平無法在任天堂立足的另一重大原因便是SQUARE於1996年初的突然反戈，橫井一直都充當著SQUARE庇護者的身份，該社脫離任天堂陣營的罪責也全部被加諸橫井頭上。
事實上過去橫井軍平大力提攜SQUARE等第三方軟件廠商完全出於扶持遊戲產業健全發展的公心，未必存有樹立朋黨的私念，他對SQUARE的行動顯然一無所知。
1996年8月15日，橫井軍平辭職離開了曾經努力工作了30多年的 任天堂。消息公開後，任天堂股票於次日因狂跌10%而不得不停牌，JP摩根的市場分析家在評論這次股市大動盪時指出：「主要技術者的突然離職，令投資者對任天堂未來的創造活力產生了嚴重質疑……」
TV遊戲產業歷史上曾有過太多表裡不一的外交辭令，然而當年SQUARE和任天堂分道揚鑣的真正原因確實如阪口博信在1996年2月29日的PS版《FFVII》發表會上宣稱的那樣：「雖然之前有過緊密的合作，遊戲製作理念的南轅北轍致使我們不得不與任天堂訣別……」任天堂絕對不可能忽略當時SQUARE在遊戲業界舉足輕重的影響力，為籠絡人心破天荒第一次提供自社的金牌遊戲角色共同開發《超級馬里奧RPG》，同時聯合出資成立N64專用軟件發行和銷售的流通會社，任天堂許諾未來與SQUARE分享獨佔市場的巨大利益。 但是1995財務年度數款對應SFC平台超大作的銷售不振讓SQUARE清醒認識到使用卡帶媒體存在的種種弊端，性能優越的索尼PS平台成為適合其未來發展的最終選擇，採用CD-ROM載體可以充分滿足播放CG MOVIE的需求，SQUARE的遊戲開發者無須再為壓縮容量費勁心機。橫井軍平這個伯樂在任天堂社內突然失勢，也使得兩社間最至關重要的溝通渠道完全斷絕。
第三方軟件開發商的離反並非始於SQUARE的倒戈，PS版《FFVII》的發表不過是起到了催化劑的效果，除了對任天堂獨佔市場的霸道作風不滿以外，另一個心照不宣的重要因素就是N64無法在1995年末如期發售，甚至有傳聞發售日會大幅押後整整一年。N64的開發計畫確實遇到了重重困難，高性能64位CPU R4000的製造價格非常昂貴，竹田玄洋領軍的第三開發部為了壓縮硬件成本絞盡腦汁，但是直到1994年夏天依然沒有找到具備足夠數據傳輸能力的顯存。
或許正是機緣巧合，竹田玄洋偶然出席了在東京都舉辦的一次電腦硬件展覽會，一家名為RAMBUS的北美小公司展示的獨特顯存技術引起了他的濃厚興趣，RAMBUS的RDRAM顯存擁有著著超高速存取數據的特性，雖然當時還存在著製造工藝問題，但4MB容量對於N64已經足夠。竹田玄洋還獨創性地將顯存設計成可以替換式樣，一旦未來製造成本下降，可以通過增加顯存提升硬件處理能力。
任天堂在N64對應遊戲軟件製作上遇到的麻煩也絲毫不亞於硬件開發，情報開發部過去曾經創造過眾多足以堪稱不朽的作品，但為追求全三維效果的N64開發遊戲對他們來說就意味著要徹底摒棄2D時代積累的那些寶貴技術結晶。宮本茂反覆向同僚們指出：「我們需要製作的是過去別人從來沒有製作過的東西！」 《超級馬里奧64》（《SUPER MARIO 64》）集結了情報開發部70%以上的核心成員，甚至第一開發部和NOA也派出援軍參與後期製作，如此大規模開發團隊在任天堂建社以來也是絕無僅有的，這部作品僅純開發費用就高達4000萬美元，同樣為任天堂至今為止單款遊戲的最高預算。
僅僅64Mb的卡帶容量，卻需要裝載下一個宏大逼真的全三維世界，宮本茂團隊為此竭盡了全力，但結果開發週期還是多次延期。宮本茂認為N64遊戲實現本質進化並不僅限於畫面效果，更重要的還是操作方式的徹底改變，為此他親自會同設計人員用黏土反覆研究和修改各種手柄造型，最終確定了後來的三叉戟式樣，首次使用類比搖桿的N64手柄不但可以充分實現360度全方位移動，背部增加的Z鍵也提供了更多的全新操作概念，這幾乎可以算得上是為《超級馬里奧64》所度身訂造的。
1995年11月15日舉辦的任天堂初心會上《超級馬里奧64》首次揭開了神秘的面紗，這部作品的優秀程度遠遠超過了所有到訪者的想像，完全3D的箱庭世界裡大鬍子馬里奧以每秒60幀的圖像切換速度縱橫自在的奔跑、飛行、游泳，動作的流暢和逼真程度令人瞠目結舌，其對存在感的強調是過去所有類似作品都無法比擬的。雖然在預展中未能盡窺全豹，但遊戲中設置的大量各異其趣的關卡設計讓在場者為豐富的內涵所徹底傾倒。
更令人震驚的是這樣一個出色遊戲的卡帶容量僅64Mb，人們不得不為任天堂的技術力所折服。山內溥社長在演講中自信地宣稱：「N64將改變遊戲！」在這個1995年末最重要的遊戲展會上，任天堂正式確定N64將定於1996年4月21日發售，山內溥還公開宣稱著名製作人崛井雄二已經承諾在N64平台推出《DQ》系列最新作，對SQUARE的動向則諱莫如深。
《日本經濟新聞》在《FFVII》發表會前一個月已經對外披露了SQUARE正式參入PS陣營的消息，但無論任天堂、SQUARE或索尼都沒有對此發表任何公開評論，彼此心照不宣地為即將到來的大博弈做最後的努力，山內溥把制勝的砝碼押在了和SQUARE知名度旗鼓相當的ENIX。
並稱日本RPG雙璧的兩社，背裡卻充滿了競爭意識，1994年初阪口博信成功說服了ENIX王牌製作人崛井雄二出馬負責SFC超大作RPG《超時空之鑰》的劇本創作，雖然崛井不過寫了不滿一張A4紙的故事梗概，這個異常動向已經足夠引起ENIX社長福島康博的高度神經緊張，福島在聞訊當日便提升崛井為取締役常務董事。對於任天堂的極力拉攏，福島康博也頗有意借此與SQUARE決一雌雄，幾乎在SQUARE宣佈參入索尼同一時刻，ENIX也針鋒相對地公開了對應N64第一彈作品《J計畫2》，但在外界的眼中，ENIX謹慎參入N64所造成的市場反響遠不如SQUARE進軍PS那麼具有震撼力。
和當時第三方軟件廠商紛紛宣佈加盟PS陣營的盛況相對照，截止四月間日本僅有8家會社與任天堂達成了參入N64的意向，其中SETA計畫與主機同時推出《最強羽生將棋》是唯一一款確定發售日期的遊戲。HUDSON和KONAMI是其中比較知名的大手企業，HUDSON的取締役常務董事大裡幸夫在接受媒體採訪，不吝詞色地讚美N64的開發環境優越如同小麥粉，所謂「小麥粉」一說是指像揉捏濕麵糰一般隨心所欲地加工成餃子或麵餅等任意的點心，或許HUDSON當時尚未進入實質開發階段，大裡氏僅從《超級馬里奧64》的驚人畫面進行臆測，事實此後HUDSON在N64平台並沒有製作出什麼驚世骸俗的傑作，「小麥粉」不輒成為業界的笑柄。
KONAMI大阪分社一口氣發表了三款對應N64的遊戲，其中橫版ACT名作的3D化續篇《大盜伍佑衛門-未來桃山幕府物語》的製作組在開發中途全體移籍SQUARE（後來的《武藏傳》開發團隊），致使這款計畫1996年夏發售的遊戲幾乎延期了一年。鑑於極端不利的外部輿論環境，任天堂不得不如許多人所預料的那樣以半導體供應不足為藉口宣佈將N64正式發售日再度押後至6月21日。
6月23日（實際6月21日即開始公開銷售），N64終於在日本本土發售，憑藉著任天堂強大的市場號召力，這款多災多難的話題主機在不到10天裡就銷售50萬台以上，比當初PS和SS的普及速度快了一倍以上，但是此後兩個月裡僅推出了《水上摩托艇64》一款遊戲，空前的
軟件飢渴導致硬件銷量隨之開始出現停滯，很快被大作疊出的PS遙遙領先。 《FAMI通》雜誌給予了N64首發唯一的主力軟件《超級馬里奧64》39分的超高評價，主編濱村通信由衷讚歎道：「除了遊戲中鏡頭切換的些微瑕疵，這部作品幾乎就是無懈可擊的……」 《超級馬里奧64》提供了全新的3D遊戲概念，無論空間感還是操作性均達到了前所未有地高度，不過任天堂必須承受變革帶來的陣痛，德間書店出版的任天堂遊戲情報志的讀者調查獲悉約34%的玩家對全面3D化感到質疑，不少人希望維持過去的創作風格。《超級馬里奧64》在日本本土的最終銷量超過了160萬份，比較起過去歷代作品確實減少了許多，除卻硬件普及量的因素，消費者部分流失也是不爭的事實。對照《超級馬里奧64》在海外的受歡迎程度，日本玩家的保守顯而易見。
即使以局外人的角度來評價1996年8月中旬時點的任天堂，大概所有人都會做出「山窮水盡」的結論，全新主力商品N64嚴重滯銷，SFC和GB市場又處於極度收縮死亡途中，核心技術者橫井軍平的突然退社更形同釜底抽薪，任天堂股票狂跌到不足每股8000日元，幾乎大部分的證券分析師都向發出投資者發出了警戒信號。昔日TV遊戲業界的霸主，此時卻淪落到了眾叛親離的淒涼境地，即使是一位加盟N64的第三方社長也在接受《FAMI通》專訪時肆無忌憚的調侃說參入原因不過是因為看到任天堂京都本社門前的草地過於青翠，以此諷刺其門庭冷落的景象。
事實上在社內圍繞著橫井軍平展開的內訌也嚴重削弱了任天堂的軟件開發實力，橫井出走以後，原統屬的第一開發部遭到了清算，幾乎所有開發項目都被終止計畫，大量屬員調派充實其他部門，該部門最少時僅剩下不足10名員工空守軀殼。清算也不可避免的波及有「影之第一開發部」之稱的INTELLIGENT SYSTEMS，該社對應SFC平台的S-RPG超大作《火焰之紋章-聖戰的系譜》被中途砍去一半預算，令製作人加賀昭三大感不快，根據某任天堂系情報專門志對《聖戰的系譜》的製作成員訪談中獲悉該系列的N64版已經在醞釀中，然而直到N64主機淡出歷史舞台，《火焰之紋章64》卻成為永遠無法實現的傳說。宮本茂還收回了SFC最賣座遊戲《馬里奧賽車》的開發權，轉由情報開發部接手製作N64版續篇，部分原核心製作成員被整合入情報開發部。
N64時代是任天堂充分展現自身開發實力的時代，N64時代的輝煌實際由情報開發部和RARE所共同締造，昔日曾經創造過大批名作的第一開發部和IS社居然毫無作為，實在不能不令人唏噓感嘆。莫名的冷遇讓許多原橫井軍平屬下感到極度鬱悶和痛苦，當時日本遊戲業某些知名人士共同醞釀發行了一本業界評論刊物《遊戲批評》，該媒體以專業和立場客觀獲得資深人士的廣泛認可，包括田尻智等許多著名製作人都曾為該刊物實名或匿名撰稿。
1997年出版的某期中一位自稱橫井軍平親信屬下的無名氏作者發表的文章引起了軒然大波，文章中對宮本茂的品格進行了影射攻擊，甚至宣稱宮本的遊戲設計創意大多抄襲自橫井軍平，該文的大量詳實細節令讀者們確信撰文者係任天堂資深員工。
似乎應驗了否極泰來的哲理，任天堂的社運在崩潰前夕出現了轉機。NOA（任天堂北美分社）社長荒川實並不懂遊戲，但他是一個與生俱來的商業奇才，為人作派也與岳父山內溥的嚴厲苛刻截然不同，即使多年的商業競爭對手也對他謙謙君子的儒雅風度讚許有加，然而荒川對於商業經營決策的機敏果敢卻同樣令人欽佩。荒川實在1996年初對業界大勢進行評估，確定索尼PS將是未來主要的競爭對手，認為N64的64位高性能是向消費者宣傳的重點所在，為了集中經營資源，他斷然決定終止完成度已經相當高的SFC版《星際火狐2》等遊戲開發，全面轉換經營核心。
1996年5月15-16日在洛杉磯會展中心召開的E3大會，任天堂耗資400萬美元佈置的豪華展位成為萬眾矚目的焦點，數十台N64試玩機前擠滿了等候體驗的人群，《超級馬里奧64》為代表的出展軟件獲得一致好評，荒川實親自在會場一角的接待室向來訪的商家介紹新商品的詳細情況。雖然N64出展獲得圓滿成功，但是市場壓力依然非常沉重，SCEA在E3會場正式宣佈將PS降價到199美元，同時公佈了《古墓麗影》和《蠱惑狼》等大批強力新作，荒川實斷言如果堅持N64原先預定的250美元價格將在未來商戰中處於不利境地，必須將價格調整到PS同等水平才能確保成功，為此NOA和任天堂日本總部發生了意見分歧，荒川幾度親自飛回京都和山內溥反覆爭論磋商，終於達到了預期目的。
9月中旬，正式價格為199美元的N64在全美上市，僅僅不到兩週時間就突破百萬銷量，各地都出現了嚴重缺貨現象，為了及時補充貨源，任天堂不惜代價包租大型商用貨機日夜從日本本土運輸N64主機，該主機在1996年末3個多月時間內在北美就達到了330萬台出貨量，一舉超越了早發售足足一年的PS，從而確立了長期優勢地位。RARE原先不過是英國鄉間一家名不見經傳的小型遊戲開發工作室，在荒川實的大力提攜下這家公司迅速成長為任天堂在N64時代最重要的第二方合作夥伴，該社1997年7月31日推出的3D FPS不朽名作《007-黃金眼》在歐美地區引發了長達兩年多的流行熱潮，僅美國一地的累計銷量就突破了500萬份。
針對N64軟件開發困難的不利弊端，荒川實針對性地鼓吹大作至上主義，通過不惜血本的廣告宣傳把消費者的視線聚焦在數量有限的一些大作遊戲，因此取得了非常成功的市場反響。多年後一位美國第三方軟件廠商的高層曾經如此說：「N64是任天堂給合作者出的有史以來最大一道難題，卡帶容量等許多問題都嚴重制約了遊戲開發成果，荒川實憑藉商業天才讓一款原本注定失敗的主機取得了巨大成功……」
即便田尻智本人也沒有預料到《神奇寶貝》能夠取得如此空前的成功。田尻智中學時代起就是一個狂熱的遊戲玩家，進入東京高等專科學校後更因為自行編寫一本名為《GAME FREAK》的同人刊物而聲名鵲起，後來他在遊戲業名人遠藤雅伸介紹下結識了橫井軍平，開始參與GB遊戲的開發。《神奇寶貝》的構想始於1990年，田尻智想製作一款讓廣大兒童接受的遊戲，聯想到自己幼年時捕捉昆蟲和垂釣青蛙的往事，決定以具有豐富個性的動物角色作為遊戲的主題。 橫井軍平也提供了他相當有價值的建議：「攜帶用遊戲機的表現力肯定不能和家用機相頡抗，但是其便攜性和通信機能等優勢也是獨特的長處，如果能夠製作出一款能讓玩家相互交流協作的遊戲必然會大成功。」這樣一個8Mb的遊戲田尻智前後製作了近六年，其中光進行系統調整就約一年半，他在設計時特意做了巧妙的構想，部分強力
神奇寶貝的進化需要兩台主機連接進行數據交換才能成功，其提供玩家互動的創意訴求具有劃時代的革命意義。 在95年初期開發即將收尾時宮本茂又向他提出：「如果用怪物不同出現機率的細微調整來製作多個版本，可能會使得趣味性和商品價值都得到進一步提高。」田尻智認為這個相當英明的建議，便重新對《
神奇寶貝》做了調整，這個遊戲最初以紅、綠兩個版本發售，初期出荷約30萬本。 1996年初的攜帶遊戲市場已經瀕臨崩潰邊緣，《FAMI通》雜誌著名的兩位MM編輯渡邊美紀和伊莎貝拉永野曾就GAMEBOY和GAMEGEAR兩款難兄難弟孰先從新作軟件榜上消失打賭，任天堂為了彌補VB失敗形成的市場真空，緊急開發了改良型號GAMEBOY POCKET維持局面。
《
神奇寶貝》從來就沒有進入過《FAMI通》新作期待榜TOP30之列，評分僅有差強人意的28分，任天堂的廣告投放量也非常有限。到了次年3月末，人們驚奇的發現一款百萬大作無聲無息地誕生了，隨後的兩年間《神奇寶貝-赤/綠》的銷量不跌反升，1997年內的累計銷量竟然還超過了上一年，這在整個遊戲史也是絕無僅有的奇蹟，《神奇寶貝》引發了世界性的流行風潮，攜帶主機市場也隨之再度全面復甦。 《
神奇寶貝》的成功集合了多重偶然因素，《FAMI通》編輯部曾經不遺餘力地推廣宣傳這款遊戲，其間《神奇寶貝》動畫片的暈眩事件也起了反宣傳的效應，最關鍵的還是借助同時期BANDAI《寵物蛋》引發的電子寵物熱潮，《神奇寶貝》的遊戲性和耐玩性遠遠高於娛樂形式單一的《寵物蛋》，當消費者對《寵物蛋》失去興趣後，《神奇寶貝》便順理成章地完全囊括了市場。
（注：上面這一大段可能真的錯置了。）
時勢所逼，任天堂的經營思想在N64時代開始發生了重大轉變。日本《遊戲批評》把1996年末發售的《馬里奧賽車64》評價為分水嶺式代表作品，《馬里奧賽車64》與其SFC版前作的創作思想存在著本質差異，IS社開發的SFC版非常強調相互追逐的速度感，面向消費層非常廣泛，64版對操作進行簡潔化處理，其賣點更著眼於多人對戰的亂鬥樂趣，訴求的受眾年齡層明顯向下移動。
正如《遊戲批評》中所嘲笑的那樣；《馬里奧賽車64》開場時呼喊遊戲標題的電子模擬童聲簡直是不打自招的奇特設定，令許多過去堅定支持的高年齡玩家感到莫名困惑。任天堂清醒意識到高中生以上的高年齡消費層已經大半被索尼和世嘉所蠶食殆盡，惟有退守尚屬真空帶的低年齡消費層才是長期自存之道，該社的經營思想無意間與日本國內少子化的大氣候相吻合，因此市場佔有率不斷提升。任天堂遊戲低齡化傾向與宮本茂也不無關係，作為主持軟件開發大局的唯一靈魂人物，宮本大師偏向童趣化的創作思想直接影響了全局，原橫井軍平系統的全面失勢也導致高年齡層向遊戲出現了斷層。
由於和者甚寡，任天堂開始著眼於年末商戰展開其經營戰略，該社將手中有限的王牌於聖誕節前後的兩個月間集中施放，以丟卒保帥的策略確保一年一度最重要銷售時期的主導權，這個策略取得圓滿成功，從1998年開始至今，任天堂始終保持著聖誕霸者的桂冠，全年度中將近半數的銷售業績來自這個時間段。甚至有幾年達到了60%以上的驚人比例。
1997年1月14日，SCE在東京舉辦盛大的PS全球出貨1000萬台慶祝酒會，RPG老鋪ENIX社長福島康博應邀出席，他在席間正式宣佈了超大作《DQVII》將在PS平台發售的消息，這個驚人消息引起了全場沸騰，無疑宣告了日本本土次世代主機大戰塵埃落定。山內溥在6月舉行的任天堂股東說明會上承認了N64在本土家用機主導權爭奪中落敗的現實，但他保證該主機將繼續受到全力支持。 為了應對來自競爭對手的壓力，任天堂隨後一口氣發表了諸如《MOTHER3》、《火焰之紋章64》等大批重量級遊戲刺激市場，不過其中相當部分不過是虛無縹緲的幌子，甚至連企畫書都從來沒有完成。面對眾叛親離的局面，山內溥自然不甘心失敗，決意重新建立起一個第三方軟件體系，為此和利庫路特集團（Recruit）合資成立名為MARIGUL MANAGEMENT的中介發行機構，該機構主要目的是向有作為的個人和團體提供資金援助，解除他們軟件開發的後顧之憂，其名稱來源是MARIO和 利庫路特集團吉祥物海鷗（seagull）的合體。
MARIGUL的設立源於任天堂特別經營顧問平林久和向山內溥提供的建議，平林氏是日本著名的遊戲評論家，1996年初曾經與靜岡大學助理教授赤尾晃一共同在《日本經濟新聞》連載《遊戲的大學》，被公認為新人進入遊戲業界必讀的文章，他還長期為《FAMI通》等專業媒體提供業界時評，以觀點清晰敏銳見稱，後因盛名被任天堂禮聘為特別經營顧問。
平林久和提出了「工房」的概念，希望任天堂等大企業向小型開發團隊提供資金和技術等各方面的提攜，重新塑造一批個性化的遊戲品牌，從而達到回歸原點的目的，他的提議和山內溥重塑江山的企圖不謀而合，因此計畫得以立即實施，首批和MARIGUL締結合作契約的包括中村光一和Noise等個人和經營會社（筆者在調查資料時發現了一個非常有趣的細節；利庫路特集團當時最大的股東居然是SQUARE的大東家宮本雅史，但沒有任何實在資料可以說明宮本雅史在MARIGUL計畫中是否發揮過作用）。
現實證明了平林久和的「工房」理念對於日益規模化的日本TV遊戲產業來說還是過於烏托邦，即便有著大財團的鼎力支持，那些小型開發團體的影響力和工作效率始終無法和SQUARE或CAPCOM這些成名數十載的第三方軟件商相比，更何況開發環境惡劣的N64原本就不適合於弱勢群體的生存，任天堂在2000年後終於將MARIGUL MANAGEMENT解散。
雖然復辟夢想未能成功，MARIGUL的存在對日本TV遊戲產業的發展做出了無法磨滅的積極貢獻，任天堂在廣大獨立製作人和中小第三方軟件商心目中的形象得到極大改善。MARIGUL解散後，原「傑克與豆之巨木計畫」招募成員被歸併入INTELLIGENT SYSTEMS，該社的開發實力得到迅速恢復，製作了《
神奇寶貝剪影》和《馬里奧故事》等N64著名遊戲。Noise和猿樂廳等小型會社也以第二方形式編列入任天堂陣營，Noise全體骨幹成員均來自原世嘉街機版《電腦戰機VR ON》開發小組，加盟後開發出以操作爽快見稱的《自作機器人》系列。 猿樂廳是一家事業內容非常獨特的會社，該社並不直接參與遊戲開發，而主要從事對遊戲試玩版進行評估測試以達到品質向上目的，偶爾也擔當遊戲企畫工作，據說《動物森林》等許多任天堂名作均有猿樂廳這個幕後英雄的功勞。MARIGUL的慷慨解囊不但使得財寶、CHUNSOFT等一些昔日有名的中小型會社得以重新回歸第一線，更令齋藤由多加（原名齋藤裕）、飯田和敏等獨立製作人開始嶄露頭角。
1997年初秋，任天堂在千葉幕張舉辦了NINTENDO SPACE WORLD遊戲展覽會，山內溥在開幕首日做了具有里程碑意義的基調講演，在演講中首次把任天堂的遊戲開發理念歸納為「收集、育成、追加、交換」這著名的遊戲四要素，當有記者詢問起任天堂對家用主機不利局面的對策時，山內若有所指地鄭重表示：「1998年末商戰將是確立TV遊戲產業未來方向的決定性時刻！」1997年中任天堂在攜帶遊戲領域收穫頗豐，《神奇寶貝-赤/綠》取得了全球500萬份以上的驚人銷售記錄，但該社在家用主機領域的競爭卻呈現出惡化的態勢，N64在北美市場獨領風騷了整整一年後似乎呈現出強弩之末的跡象，SCEA利用聖誕商戰期發動全面大反攻，《古墓麗影》和《FFVII》等大作連發而取得壓倒性勝利，重新奪回了市場主導權。
日本本土的N64年末主力遊戲是情報開發部製作的《耀西故事》，這部ACT遊戲獨創性地設計了卡通風格的吹塑紙舞台背景，擬似立體空間的縱深感覺非常強烈，以小恐龍耀西為主角的該作操作非常簡潔，流程長度設計也恰到好處，完全針對低年齡玩家所開發。任天堂對《耀西故事》的市場前景並不樂觀，首批出貨不過30萬份，但是市場反響之熱烈大大超出預期，所有出貨在聖誕節期間便全數售完，還有不少攜子女聞訊趕來的父母們失望而歸，小賣店紛紛向任天堂緊急追加訂貨，但當第二批卡帶於半月後再度上市時已經錯過了最佳銷售時機，《耀西故事》的累計銷量約72萬份，如果供貨充足的話完全有希望突破百萬。
自從1995年初心會上驚鴻一瞥，《塞爾達傳說64》便如同石沉大海般再無聲息，只是遊戲媒體上刊登的發售日期不斷向後推移，人們的熱切期待並沒有因此減退，真假難辨的星點訊息都足以引起廣泛的討論話題。 曾經有傳聞聲稱《塞爾達傳說64》因為技術原因可能終止開發，其間還發生了擔任插畫的石之森章太郎大師的突然病逝的不祥事件，宮本茂在接受採訪時表示《超級馬里奧64》最多只發揮了N64不到60%的硬件機能，《塞爾達傳說64》才是真正徹底展現任天堂最高實力的作品。雖然N64因為軟件匱乏長期低迷不振，但任天堂的經營層始終保持著異乎尋常地鎮定，直到1998年初春才逐步揭開了神秘大作的面紗。
《FAMI通》雜誌設立了《塞爾達傳說64》獨家連續報導專欄，玩家們逐漸瞭解到這部作品以時間為主題，一種名為ocarina的神秘樂器將貫穿整個劇情……5月的亞特蘭大E3遊戲展，《塞爾達傳說-時之洋笛》首次在日本本土以外公開展出，預料之中的取得了與會者一致讚賞，人們需要經過一個多小時的排隊等待才能得到短短幾分鐘的親身體驗機會，任天堂的展區因此始終保持著人頭攢動的空前盛況。NOA主席霍華德.林肯自豪地對廣大媒體記者宣佈：「《塞爾達傳說-時之洋笛》將成為TV遊戲史上最偉大的遊戲作品！」眾多專業媒體和相關機構聯合評選的E3遊戲大獎也給予了同樣的積極評價，《塞爾達傳說-時之洋笛》眾望所歸地被評為了1998年度E3最佳遊戲大獎，全球玩家的期待度已經達到了沸騰臨界點。
1998年11月21日，日本各地的電玩專賣店出現了久違的行列，成千上萬的玩家急切地把期待已久的超大作捧回家中。《塞爾達傳說-時之笛》再次上演了大作牽引主機銷量的神話，N64的周銷量由前周3千台以下的冰點急速躍升到15萬台以上，這是該主機兩年多來第一次將PS主機踩在腳下，此後憑藉著《元氣皮卡丘》、《哥倆好》等作品的連攜，N64主機在1998年底掀起了相當成功的反攻浪潮，但是因為缺乏其他第三方廠商的應援，任天堂精心安排的一次戰略大反攻最終因後繼乏力宣告失敗。 宮本茂曾經惋惜地說：「如果那時我們能得到哪怕一點的協助，可能未來的局勢就會完全不同。」 《塞爾達傳說-時之笛》國內銷量145萬份，而海外則更達到了620萬份的天文數字，原本已經被視為窮途末路的N64自此迎來了整整兩年的黃金時光。」《FAMI通》給予了《塞爾達傳說64》史上最初的40分滿分評價，濱村通信等人總結性的評語代表了大多數玩家的心聲：「滿分並不意味著這個遊戲是完美無缺的，給予如此的評價無非是向製作人員對遊戲本質的不懈追求表示我們最高敬意！」在歐美地區，IGN和GAMSPOT也爭相賦予了《塞爾達傳說64》的滿分評價，那些苛刻的評論員異口同聲地不吝溢美之辭，這樣的殊榮堪稱空前絕後。
相比《超級馬里奧64》，任天堂情報開發部的技術人員對三維立體空間存在感和縱深感的理解又達到了新的高度，過去的3D遊戲只能讓玩家體驗立體感覺，而《塞爾達傳說64》則讓人徹底感受到空氣流動的空間感。視點轉換的難題也通過LOCK ON系統（鎖定系統）得到了徹底改善。該作品完全繼承了2D《塞爾達》時代的探索和解謎等核心要素，揭開謎題後獲得的成就感無法用言語來名狀。
株式會社POKEMON（簡稱TPC）成立於1998年4月，由任天堂、Creatures、GAMEFREAK三社共同出資組建，該社成立的目的主要是對全球範圍的神奇寶貝系列產品的著作權益進行統合管理，最鼎盛時期有400家以上會社參與出品一萬種以上的相關商品。
由於對任天堂獨享
神奇寶貝所帶來巨大利益的羨妒，某大手映畫會社暗中挑唆鼓動「神奇寶貝之父」田尻智進行抗爭，1999年初時傳出了該超級大作有可能在任天堂系以外的硬件平台發售的消息。面對即將爆發的嚴重危機，任天堂社長山內溥果斷地親自出馬和各方利益集團進行談判磋商，最終成功地將主動權牢牢掌握在自己手中（傳聞岩田聰能夠繼任社長的很大原因是在調停此事件中發揮了重要作用）。2000年10月，POKEMON進行了重組，小學館、TV東京、JEKI東日本企畫三社成為了新股東，Creatures社長石原恆和出任社長。 雖然表面上任天堂對POKEMON的控股權由先前的50.1%下降到30.1%，但由於暗中強化了對Creatures和GAMEFREAK股權控制的緣故，該社的話語權實際反而得到了進一步提高。新會社對
神奇寶貝相關的權益做出了以下的分配；所有遊戲相關的利潤由任天堂等原控股三社支配，而其他諸如動畫、玩具等收入則由六社按持有股份比例進行分配。各大勢力集團由於各得其所而自此偃旗息鼓，乖乖俯首聽命於任天堂的運籌安排，而田尻智則不幸成了商業利益的犧牲品，原先圍繞在身邊的媒體記者們一夜之間忽然消失地無影無蹤，他從此完全淡出了業界，石原恆和則儼然成為了新的「神奇寶貝之父」。
近聞醉生夢死的田尻智因誤服迷幻藥劑陷入精神崩潰狀況，不管怎麼說，這位曾經耀眼的遊戲業界巨星確實已經消逝黯淡。如果窺透了隱藏在黑幕深處的玄機，我們不難從中瞭解到GBA版《
神奇寶貝-紅寶石/藍寶石》何以直到2002年末才姍姍來遲的真正原因。從財務運作的角度分析，POKEMON已經由任天堂的子會社變成適用持分法的關聯會社（關聯會社一般指持有股權超過20%但低於50%的附屬性企業），表面上使用了持分法的POKEMON社經營業績和任天堂並沒有直接聯繫，但由於任天堂實際完全掌握了該社的主導權，即使利用兩社關係暗中進行諸如資本轉移等非常商業運作手段也是輕而易舉的。
CAPCOM在任天堂最低潮時期曾完全與之斷絕合作，1998年之前的長達兩年間幾乎沒有在任天堂系的硬件平台上推出過什麼像樣的遊戲，社長遷本憲三更多次在公開場合抨擊N64延續使用卡帶載體的保守經營方針，但是任天堂在遊戲業界的再度崛起（尤其在北美市場的強勁號召力）不得不讓CAPCOM重新評估市場投資方向。 在常務執行董事岡本吉起的大力推動下，CAPCOM於1998年全面參入任天堂陣營，該社於當年末發表了N64卡帶版《生化危機II》，當時被大多數業界人士認為是有欺詐嫌疑的無稽之談，CD-ROM兩枚組的遊戲無論如何也不可能被裝進容量有限的卡帶中。
CAPCOM設立在加利福尼亞州的ANGEL STUDIOS集中了大量技術精英，NOA(美國任天堂)也派遣了支援小組協同作戰，任天堂還向CAPCOM開放了自社獨有的1：8數據壓縮技術，最終容量512Mb的《生化危機II》成為了N64主機上第一款也是唯一一款全程語音和全頻CG動畫的遊戲，除瞭解析度稍低外與原PS版本幾乎毫無差異，燈影火光和水面波紋等特效還做了強化處理，特別具有收藏價值的是N64版本還增加了16個EX檔案，檔案裡的資料甚至還暗示了《生化危機外傳-代號：維羅尼卡》和《生化危機0》的相關劇情。發售時期關係導致N64卡帶版《生化危機II》全世界銷量僅約60萬份，但對於CAPCOM和任天堂兩者卻是一次非常有意義的嘗試，通過真誠的合作消除了過去一直存在的芥蒂。
幾乎在發表世嘉DC版《生化危機外傳-代號：維羅尼卡》的同時，CAPCOM也發表對應N64平台的最新作《生化危機0》，這部作品最初是準備配合64DD同期發售的，後因為形勢所迫不得不改為卡帶版，容量的侷限令參與製作的成員飽償了艱辛，後這款開發進度超過70%的遊戲又轉移平台至NGC。在美國方面曾經有傳言《鬼武者》原本是一款對應N64平台名為《生化危機VS武士》的遊戲，後因為經營戰略的考量和負責開發的稻船敬二等強烈反對遂計畫變更，從種種跡象判斷此等說法未必空穴來風。
CAPCOM還和任天堂合資成立了軟件開發會社FLAGSHIP，任天堂對強力盟友的重歸陣營也不吝恩賞，甚至慷慨授予了GAMEBOY平台的《塞爾達傳說》系列最新作的製作權，CAPCOM因為代工開發獲利頗豐。
雖然N64在全球市場的競爭輸給了新力PS，但是如果加上GB獨領風騷的攜帶遊戲領域，任天堂在1999年的總市場佔有率達到了47%以上，新力的份 額為42%，昔日勁敵世嘉則萎縮到僅有10%左右。DREAMCAST的銷售嚴重不振讓業界全體意識到世嘉被迫退出硬體市場競爭已經是遲早的事情，任天堂 儼然將成為唯一足以製衡新力的勢力，出於對硬體一家獨大局面的莫名恐懼和任天堂的強勁上升勢頭，一些第三方大手廠商對未來局勢做出了錯誤的判斷。 NAMCO曾經是協助新力PS成功的重要力量，該社社長中村雅哉卻在1999年3月末接受專業媒體採訪時斷言N64的后繼主機將取得更大的成功， NAMCO授權任天堂的北美子會社NST開發了N64版《山脊賽車》，負責協調和監督這個項目的正是以後接任任天堂社長的岩田聰。
*繼續閱讀*《業界的裏側 VOL.2 —失落的泰坦王朝》（中）